
何が起きたか
Google DeepMindはAlphaGenome 2を発表した。68組織にわたる1億超の個別細胞プロファイルで学習し、細胞内で遺伝子発現を変えうる変異を従来モデルのほぼ2倍特定できる。
なぜ重要か
特定の細胞種や状態への影響を予測することで、AlphaGenomeのような汎用モデルでは見逃す細胞特有の疾患関連効果を浮かび上がらせ、実験室で何を調べるべきか研究者の判断を助けうる。
誰に効くか特定のタンパク質や細胞種を標的とする研究者や創薬開発者は、集団レベルの遺伝子変異を細胞への影響に結びつける、より細粒度のツールを得る。ただしGoogleは、その詳細な予測はAlphaGenomeより生成コストが高いと注記している。
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AlphaGenome 2は、昨年公開されたDeepMindのゲノム予測モデルAlphaGenomeを土台にしている。このモデルが扱う中心課題は、人体のほぼすべての細胞が同じDNAを持つにもかかわらず、細胞種によってオンになる遺伝子が異なるため、同じ遺伝子変異でも細胞の種類や状態によって効果が大きく変わりうるという点だ。新モデルはこうした違いを捉えるよう設計されており、Googleは静的な細胞アトラスをヒト遺伝学の予測エンジンへと実質的に変えると話す。
DeepMindのŽiga Avsec氏によると、このモデルが実現したのはごく最近のことだ。個々の細胞とその状態を高解像度で捉え、学習に必要な膨大なデータセットを作れる新技術があってこそだった。研究者はまた、AlphaGenome 2が再学習なしで新しい種類の細胞や生物学的状態について予測でき、実験データの空白を特定できることも見いだした。Avsec氏は、将来のバージョンは複数種のデータで学習できる可能性があり、長期的にはこうしたモデルが仮想細胞の創出に向けた取り組みに寄与しうると述べた。
後継として位置づけられてはいるものの、AlphaGenome 2が近くAlphaGenomeを置き換えるわけではない。Avsec氏によれば、より詳細な予測は生成コストが高く、9月にDeepMindが公開した、起こりうるあらゆるDNA塩基変化を網羅するゲノム全体のAtlasには使うのが非現実的だったという。今回の発表は、Anthropicの創薬実験やOpenAIの数学問題への取り組みなど、Googleと競合AIラボによる科学・医療分野への幅広い進出と並ぶ動きだ。
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