Genesis、1Å精度の構造予測で創薬エージェント実現段階へ

何が起きたか

Genesis Molecular AIが開発した構造予測モデル「PEARL」は、タンパク質の柔軟性を理解し、リガンド（薬の候補分子）がどこに結合するかだけでなく、タンパク質が自身を調整してより良い適合を実現する「誘導適合」をモデル化できるようになりました。最近公開されたOpenBindベンチマーク（802の未知の複合体、EV-A71タンパク質対象）で、PEARLは他の公開モデルを大幅に上回る性能を示しました。

なぜ重要か

従来、創薬業界のベンチマークは2Å RMSDを「良い構造予測」の基準としていましたが、業界専門家は1Å RMSDが実際には必要であると指摘しています。水素結合は有効性のために0.6Å の範囲しかないため、より高精度な予測がなければ重要な相互作用を見落とす危険性があります。PEARLがこの1Å水準を達成したことで、化学者のように試行錯誤できるAIエージェントによる創薬が現実的になってきたとみられます。

注目点

Genesisの内部エージェントシステム「SAPPHIRE」は、構造を推論し、仮説を立て、文献を読み、内部ツールを使用し、次の反復候補を作成できるようになりました。同社はIncyteなどの自動化ラボパートナーシップを持っており、24時間稼働する創薬エージェントが新しい分子を製造・検査する時代が近づいています。